La Chiesa di San Filippo Neri è stata, nei secoli, oggetto di interessanti studi che hanno permesso di ricostruire un quadro abbastanza esaustivo sulle vicende costruttive dell’edificio, a partire dal 1675 fino alla fine dell’Ottocento. Se per alcune fasi progettuali, non si riscontrano dubbi nella storiografia sulla paternità dei documenti d’archivio, per quanto concerne il periodo tra il 1679 e il 1714 diversi storici si sono interrogati circa la provenienza del progetto per la Chiesa con cupola crollata nel 1714. In anni recenti, nel 2012, lo studioso Mauro Bonetti, unendo le testimonianze di coloro che prima di lui scrissero sul tema, risolve definitivamente il conflitto attribuendo in definitiva il progetto della Chiesa a Giovan Francesco Baroncelli, collaboratore di Guarini.