I fiumi sono spesso soggetti a forti pressioni idromorfologiche, come l'alterazione del regime di flusso naturale che provoca una diminuzione della disponibilità di habitat acquatico per la comunità biotica esistente. Per valutare, quantificare e gestire correttamente i cambiamenti nella disponibilità di habitat, sia in Italia che all'estero, sono ampiamente utilizzati gli strumenti di modellazione dell’habitat fluviale. Uno degli approcci più efficaci è rappresentato dalla metodologia MesoHABSIM, uno strumento di modellazione a meso-scala basato sulla valutazione e sull'analisi dei mesohabitat acquatici, che corrisponde per dimensione e posizione alle unità morfologiche (es. pool, riffles, rapids). Per stimare la quantità di habitat disponibile nei fiumi, vengono utilizzati modelli di distribuzione di specie che li distinguono in non idonei, idonei e ottimali.