Ramona Polcari
Sviluppo di un tool per la normalizzazione della colorazione di biopsie istologiche digitalizzate = Development of a stain normalization tool for digitalized whole slide images (WSIs).
Rel. Filippo Molinari, Massimo Salvi. Politecnico di Torino, Corso di laurea magistrale in Ingegneria Biomedica, 2021
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Abstract
L'introduzione commerciale degli scanner per imaging da vetrino istologico completo (WSI) permette di ottenere un rendering digitale della biopsia e di visualizzare le strutture ad altissime risoluzioni; proporzionalmente alla risoluzione selezionata aumenta il peso computazionale dell’output finale.Le fasi di preparazione ed assemblaggio di un vetrino istologico sono completamente manuali, il posizionamento della cover può generare artefatti a causa della presenza di polvere, bolle d’aria o contaminazioni di altri microrganismi mentre la digitalizzazione può imporre delle intensità di colori diverse a seconda dello scanner utilizzato, della luce circostante e della tecnologia di utilizzo. Se il campione non è perfettamente allineato con il piano focale dello scanner l’immagine può risultare addirittura sfocata.L’analisi e il processing di una WSI in formato nativo sono dunque dei processi computazionalmente onerosi, l’obiettivo di questo lavoro di tesi è sviluppare un’intera pipeline di normalizzazione degli stain dell’immagine che mantenga elevata la qualità dell’output riducendo i tempi computazionali.
Le WSI digitalizzate in analisi sono state ricavate da biopsie di diversi tessuti in diverse tipologie di colorazione
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