Diversi fenomeni sono modellati da equazioni differenziali ordinarie (ODE) o equazioni differenziali stocastiche (SDE). Per rendere questo tipo di modelli quantitativi, è necessario stimarne i parametri sulla base dei dati sperimentali. Tuttavia, nella maggior parte dei casi, alcune difficoltà complicano il quadro. Illustriamo il problema prendendo come esempio la farmacocinetica: in uno studio clinico, un farmaco viene somministrato ad alcuni pazienti e, per ciascuno di essi, viene misurata la concentrazione nel sangue nel tempo. Supponiamo che la concentrazione segua un modello compartimentale, ovvero un sistema dinamico in cui il farmaco viene scambiato tra compartimenti che possono essere interpretati come diversi organi.