L'origine di Cocconato non è certa, così come l'etimologia del suo nome: una delle ipotesi più accreditate è che derivi dal latino "cum cunatu", cioè raggiungibile con fatica, mentre lo storico De Canis fa derivare il nome dalla corruzione di "acutus" in "cuccus" o "coccus", volendo significare tutto ciò che finiva in punta e principalmente monti e colli.

Forse antico insediamento dei Liguri, Cocconato attorno al 902 passa sotto il dominio dei conti Radicati e ci rimane fino al XVI secolo, quando in seguito alle varie politiche di alleanza di questi ultimi subisce definitivamente il dominio dei Savoia.

Nel XVII secolo inizia un'epoca di declino dovuta alla peste e ai frequenti saccheggi ad opera di truppe nemiche. Per la posizione strategica, quale ultimo avamposto sabaudo al confine col marchesato del Monferrato, Cocconato non viene risparmiato dalle frequenti azioni di guerra che si susseguono in quel tormentato periodo.

L'avvento di Napoleone e l'annessione del Piemonte alla Francia sono portatrici di nuova potenza per Cocconato, che diviene prima capo di cantone e successivamente capoluogo di mandamento.

Nel XIX secolo il comune conosce un periodo di rinascita economica, grazie al fiorente mercato e alle attività artigianali, agricole e commerciali.

Tra la fine del XIX secolo e l'inizio del XX secolo vengono realizzate molteplici infrastrutture quali l'asilo infantile, l'ospedale mandamentale, le scuole, la ferrovia e l'illuminazione pubblica. Dal 1935 Cocconato fa parte della provincia di Asti, istituita in quell'anno.