Matteo Basso
A lattice-gas model for Rab5 domain formation on cell membranes.
Rel. Andrea Antonio Gamba, Carla Bosia. Politecnico di Torino, Corso di laurea magistrale in Physics Of Complex Systems (Fisica Dei Sistemi Complessi), 2025
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Abstract
In questa tesi si studia il processo di formazione di domini di Rab5 attivi sulla membrana degli endosomi precoci. Dal punto di vista fisico, questo fenomeno si può descrivere come una separazione di fase, tra i due stati attivo e inattivo, tipico delle piccole GTPasi come Rab5. Il nostro scopo è quello di osservare tale fenomeno utilizzando un modello computazionale di tipo reazione-diffusione che simula l'evoluzione temporale di un sistema di reazioni chimiche su una superficie sferica, ammettendo scambi con il cytosol. Per fare questo, abbiamo considerato un set di reazioni comprendenti i principali regolatori del processo: GEF, GAP e GDI, e identificato un insieme di valori realistici per i parametri del sistema, usando come referenza il lavoro di Bezeljak et al.(2020).
È stato dunque condotto un lavoro sistematico di parametrizzazione del modello, per adattarlo alle esigenze imposte dal nostro algoritmo, e abbiamo effettuato delle simulazioni per vedere se il sistema evolve producendo la formazione spontanea di domini di Rab5, partendo da una distribuzione uniforme delle specie in membrana
Relatori
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Aziende collaboratrici
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