L'assetto attuale dell'isolato Santa Croce è il risultato della sovrapposizione all'impianto seicentesco e settecentesco, degli interventi ottocenteschi e post bellici del Novecento. L'analisi planimetrica infatti consente di leggere chiaramente l'intersecarsi delle varie fasi costruttive con le aggiunte, le parti mancanti conseguenti a interventi progettati ma non eseguiti, le demolizioni dovute all'apertura di nuove strade. I numerosi rimaneggiamenti e la costante e consistente defunzionalizzazione hanno operato l'occultamento della facciata di Palazzo dei Cavalieri e della parte sud-ovest dell'Ospedale sopravissuti agli interventi ottocenteschi. L'inserimento della galleria ha trasformato il sistema distributivo e degli accessi, modificando i percorsi pubblici e privati all'interno dell'isolato. Anche l'Ospedale ha subito radicali trasformazioni rendendo meno chiari gli accessi e la nuova struttura commerciale. Le superfetazioni posteriori, le demolizioni, le trasformazioni, gli occultamenti hanno profondamente alterato i manufatti all'interno dell'isolato. In particolare pesanti modifiche sono state causate anche dai "gravi" danni bellici. L'assetto recente dell'isolato è stato modificato nella parte ad est, dove con la realizzazione della nuova viabilità (Via Egidi), sono rimaste delle originarie maniche a sud e a nord dei monconi residui collegati da una recinzione che delimita un'area scoperta attualmente utilizzata a parcheggio.