Lo spunto per individuare i temi che avrebbero costituito la base per l'esposizione museale ci è stato offerto dall'affascinante figura del canonico Giovanni Spano, a cui Ploaghe ha dato i natali. Infatti, lui per primo, ha studiato e descritto la storia del paese e i caratteri dei suo territorio, focalizzando l'attenzione su quelle tematiche che, indiscutibilmente, lo caratterizzano.

Le diverse fasi di conoscenza dei luogo non hanno fatto altro che avvalorare e confermare gli studi già condotti dallo Spano, per cui la scelta dei temi espositivi, quali elementi rappresentanti il territorio e la sua storia, si è indirizzata verso gli insediamenti nuragici, le tracce romane e la diocesi medioevale. Il fatto che questi temi non si limitano a descrivere soltanto il territorio di Ploaghe, ma si possono ritrovare in tutta la Sardegna, fa sì che si crei una rete di relazioni che rimanda alla storia e alla geografia dell'intera Isola.

Il progetto parte da un intento di tipo conservativo, sia per le buone condizioni in cui si trova il complesso conventuale, sia per le interessanti caratteristiche architettoniche dell'edificio. La scelta di tre principali temi da esporre nel museo ha permesso la costruzione delle carte tematiche che sono servite da strumento conoscitivo del territorio ed hanno prodotto le figure progettuali che hanno permesso di risolvere diversi problemi relativi all'adattamento del convento alla sua nuova funzione museale. II risultato è il progetto di un museo in cui l'architettura dell'edificio e del suo sito è già rappresentazione di quegli elementi territoriali che vengono esposti nel museo stesso.